Eksiksiz ve hatasız tüm projeler 'Projeleri yönet' üzerinden doğrudan manüel olarak başlatılabilir. Projeleri alternatif olarak belirlenen zamanda yürütülmeleri için 'Görevleri planla' üzerinden planlayabilirsiniz. İsterseniz BatchDeduplicator’u, seçilen projeleri yürütmesi için komut satırı parametreleriyle başlatabilirsiniz. Bunun için ilgili iletişim penceresindeki tabloda bir veya birden fazla proje seçin ve üzerindeki tuşa tıklayın. Komut satırı vasıtasıyla açmak için gerekli komut görüntülenir.

Gerekirse, ana programın ve/veya işlenecek projenin bazı ayarlarını geçersiz kılmak veya devre dışı bırakmak için aşağıdaki parametreler kullanılabilir:

• -file1="<dosya adı>": Bu parametre ile belirtilen dosya adı, işlenecek projenin ilk tablosunun dosya adını değiştirir. Yeni dosya/tablo, en azından ilgili projede kullanılan tüm veri alanlarını içermelidir.
• -nobackup: Bu parametre belirtilirse, programın bu çağrısında dosya değiştirilmeden önce yedekleme oluşturulmaz.
• -nolog: Bu parametre belirtilirse, programın bu çağrısında günlük oluşturulmaz.
• -noemail: Bu parametre belirtilirse, programın bu çağrısında bildirim e-postası gönderilmez.